El CSIC se pone estilo 'The last of us' para luchar contra los hongos

La resistencia a los antifúngicos es una amenaza creciente para la salud global y ha sido recientemente incorporada a la lista de prioridades sanitarias de la Organización Mundial de la Salud (OMS). Sin embargo, los hongos han recibido históricamente menos atención que las bacterias en los programas de vigilancia y desarrollo de fármacos, a pesar de su impacto clínico y de provocar pérdidas importantes en cultivos agrícolas. En la ficción, obras como The Last of Us (HBO) han popularizado la idea de hongos capaces de adaptarse y poner en jaque a la humanidad, aunque en este caso se trate de un escenario extremo e irreal. En la vida real, la amenaza avanza por otra vía: la resistencia a los tratamientos, que ya dificulta el control de infecciones y enfermedades tanto en humanos como en el ámbito agrícola.

El auge de la secuenciación masiva de ADN ha permitido grandes avances en la investigación del microbioma y la resistencia a antibióticos, pero en el caso de los antifúngicos persisten importantes obstáculos: la falta de bases de datos exhaustivas, la ausencia de referencias claras y la complejidad del genoma eucariótico, que dificulta el análisis in silico a gran escala. Para superar este desafío, un equipo internacional liderado por el Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG, CSIC–USAL), la Universidad de Salamanca y la Université Laval (Canadá), con el apoyo de distintas instituciones de Canadá y Países Bajos, ha creado FungAMR, una base de datos que recopila más de 50.000 entradas y 35.000 mutaciones genéticas identificadas en 95 especies de hongos de interés clínico, agrícola y ambiental. Estas mutaciones, asociadas a 246 proteínas y vinculadas a la resistencia frente a 208 antifúngicos, han sido extraídas manualmente de más de 500 estudios científicos y clasificadas rigurosamente según el nivel de evidencia experimental, lo que permite a los usuarios evaluar la fiabilidad y el respaldo científico de cada dato. El trabajo ha sido publicado recientemente en la revista Nature Microbiology.

“La motivación de FungAMR residía en la imperiosa necesidad de poder tener una base de datos exhaustiva, detallada y fiable sobre mecanismos de resistencia a antifúngicos. Poder disponer de FungAMR en una interfaz web amigable e intuitiva va a facilitar mucho la utilidad por parte del usuario”, destaca Christian R. Landry, investigador de la Université Laval.

Junto a FungAMR, el equipo ha desarrollado ChroQueTas (Chromosome Query Targets), una herramienta bioinformática pionera que permite analizar genomas y/o proteomas fúngicos y detectar automáticamente mutaciones que confieren resistencia a antifúngicos. Disponible como software libre, ChroQueTas facilita el cribado genético de cepas clínicas y ambientales de forma rápida, precisa y escalable. “En las pruebas que realizamos con genomas de estudios publicados, ChroQueTas ha reportado las mutaciones descritas con anterioridad de manera fiable, así como ha identificado mutaciones no reportadas previamente en esos genomas, lo que demuestra su potencial como instrumento clave para la vigilancia genómica”, señala Narciso M. Quijada, investigador del Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG).

El trabajo revela que muchas mutaciones confieren resistencia a múltiples antifúngicos a la vez, un fenómeno de resistencia cruzada derivado de la similitud en su mecanismo de acción, y que este patrón puede aparecer en distintas especies a partir del mismo mecanismo. El uso masivo de antifúngicos en agricultura (especialmente azoles) se identifica como una de las principales presiones evolutivas que impulsan este problema. Esta situación complica el tratamiento de infecciones fúngicas y refuerza la necesidad urgente de desarrollar nuevas terapias con mecanismos de acción alternativos. Aunque el salto de especie y el control neurológico de un huésped, como plantea The Last of Us, no es algo documentado en humanos, la capacidad adaptativa de los hongos es una amenaza seria y tangible para la salud y la seguridad alimentaria.