Sanidad dirige la estrategia a lugares con incidencia grave, mala respuesta a tratamientos o casos de falsos negativos

Secuenciación "dirigida" para detectar más rápido nuevas variantes covid
La ministra de Sanidad, Carolina Darias y el director del Instituto de Salud Carlos III, Cristóbal Belda


13 ene 2022. 19.30H
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La irrupción de nuevas cepas covid, como es el caso de Ómicron, y su capacidad de contagio han llevado al Ministerio de Sanidad a adaptar su estrategia de secuenciación de muestras para detectar de forma "precoz" la aparición de nuevas variantes

Así, recomienda utilizar esta técnica de análisis de muestras de manera "dirigida" hacia aquellos casos con mayor probabilidad de "corresponder a una VOI o una VOC". En concreto, nombra cuatro situaciones en los que se debería hacer dicha selección: 

  • Casos con vínculos epidemiológicos con lugares o ámbitos en los que se haya descrito una elevada incidencia de VOC o VOI que hayan sido detectadas en baja frecuencia en nuestro territorio.
  • Sospecha clínica de implicación de una variante con características fenotípicas diferentes a las variantes circulantes
  • Sospecha epidemiológica de implicación de una nueva variante
  • Sospecha de fallo de los métodos diagnósticos

En el caso de las zonas con elevada incidencia, Sanidad no ve necesario secuenciar la totalidad de los casos para el estudio de casos "pero sí el mínimo que permita establecer los vínculos epidemiológicos necesarios". Del mismo modo, al tratarse de variantes conocidas, considera suficiente llevar a cabo una secuenciación parcial que permita asignar el virus a un determinado linaje.

Las técnicas de PCR capaces de detectar mutaciones concretas pueden ser de ayuda en estos casos, explica, como métodos de cribado que permitan una identificación preliminar. No obstante, "su resultado no será considerado definitivo en cuanto a la determinación del linaje".

¿Cuántos casos conviene analizar en un brote?

En cuanto a la sospecha clínica de una nueva variante, Sanidad recomienda poner el foco, por ejemplo, en casos en los que se observe evolución inusitadamente grave, casos en los que se aprecie una mala respuesta a tratamientos específicos contra el SARS-CoV-2 o casos de infección prolongada (más de 30 días de duración) en pacientes inmunodeprimidos.

Para los casos de peligro epidemiológico a causa de una nueva mutación, se podrán secuenciar casos pertenecientes a brotes con "una transmisibilidad o virulencia extraordinariamente elevadas". Sin embargo, en esos caso, no considera obligatorio secuenciar la totalidad de los positivos sino los necesarios para establecer los "vínculos epidemiológicos implicados", el equivalente a un 10 por ciento de las muestras o 4 o 5 casos en el estudio de brotes.

Por último, recomienda acudir a la secuenciación específica cuando se confirme un resultado positivo con una técnica de amplificación de ácidos nucleicos (TAAN) que sugiera una carga viral elevada y se haya obtenido un resultado negativo mediante otra TAAN o técnicas de detección de antígenos. Salvo en aquellos casos en los que se especifique lo contrario, el tipo de secuenciación realizada será secuenciación del genoma completo, según indica el documento.

El departamento de Carolina Darias considera que se debe garantizar una agilidad suficiente entre la obtención de muestras y su secuenciación, siempre teniendo en cuenta las capacidades disponibles. Para el transporte, recomienda utilizar un medio de transporte de virus "sin sustancias inactivantes".

Asimismo, se insta a que los laboratorios que realicen secuenciación depositen las secuencias de los virus en la base de datos internacional GISAID.

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