"Nos preocupa mucho encontrar una variante que reduzca al 100% la vacuna"

El jefe de Microbiología del Vall d' Hebron relata a Redacción Médica las claves en la secuenciación de nuevas variantes

Tomàs Pumarola, jefe de microbiología del Vall d'Hebron.
"Nos preocupa mucho encontrar una variante que reduzca al 100% la vacuna"
jue 18 febrero 2021. 14.10H
La aparición de nuevas variantes del Covid-19 amenaza a la eficacia de las vacunas y al control de la propragación de la pandemia. Una de las claves para mantener a raya estas nuevas cepas reside en la detencción precoz de los casos y, para ello, las comunidades autónomas han creado planes específicos.

En el caso de Cataluña, el Hospital Vall d'Hebron es uno de los centros encargados de secuenciar el genotipo de los casos positivos en busca de nuevas cepas del SARS-CoV-2. Su jefe de microbiología, Tomàs Pumarola, atiende a Redacción Médica para explicar como realizan este proceso: 

Inglesa, brasileña, sudafricana … ¿De qué variante nos deberíamos preocupar más en España?

Tomàs Pumarola durante la entrevista con Redacción Médica.

De cualquiera que escape a nuestra respuesta de anticuerpos neutralizantes que nosotros generamos durante la infección natural o como consecuencia de la vacunación. En estos momentos sabemos que la británica está bien neutralizada, pero en cambio la sudafricana y la brasileña no, y están apareciendo otras variantes actualmente que son menos neutralizables. 

¿Hasta qué punto nos hemos de preocupar? Lo suficiente como para que tengamos que ir modificando la vacuna cada 'x' tiempo como lo hacemos con la gripe. Lo único que tenemos que hacer es vigilarlo y darnos cuenta de cuándo aparece para tomar las medidas oportunas lo más rápido posible.

¿Cree que hay que modificar los protocolos de protección debido al aumento de la capacidad de transmisión de las nuevas variantes?


"En estos momentos sabemos que la británica está bien neutralizada, pero en cambio la sudafricana y la brasileña no"


En estos momentos creo que no. Estamos viendo como la variante inglesa está aumentando su proporción en el número de casos, pero está acompañado todavía de un descenso de la curva epidémica. Esto tiene dos lecturas. Una más pesimista en la que todavía vamos a tardar dos o tres semanas en ver cuál es la consecuencia de este incremento de la cepa inglesa. Y una más optimista, las medidas de prevención están funcionando y estamos bajando a pesar de que la británica está aumentando. 

Se han detectado más de 3.000 mutaciones del virus desde que comenzó la pandemia, ¿por qué hasta ahora no se hablaba de unas variantes en concreto?

La variante británica ha sido causa de mucha preocupación porque aparece en una proporción muy importante en una situación en la cual Inglaterra no estaba tomando medidas de contención y entonces se les disparan los casos de una forma tremenda creando muchísima alarma. Nosotros estamos por encima del 20 por ciento de variante inglesa, en cambio continúan disminuyendo los casos en Cataluña porque tenemos buenas medidas de contención.

Lo que sí nos preocupa es encontrarnos una variante que responda mal a la vacunación y no me refiero pasar de cien a cero, a lo mejor pasamos del 95 por ciento de efectividad a un 60 -70 por ciento, y continuará siendo proteción. Una persona vacunada podrá infectarse de nuevo por coronavirus pero será una infección muy leve o incluso asintomática, lo que difícilmente va a pasar es que esa persona vacunada que se reinfecte porque la cepa está escapando a la vacunación ingrese en el hospital con gravedad o acabe ingresado en la UCI.

Tomás Pumarola, jefe de microbiología del Vall d'Hebron e Iván Fernández, redactor de Redacción Médica.


En Cataluña se ha diseñado un consorcio con cuatro hospitales para identificar las variantes, entre ellos está el Vall d'Hebron. ¿Cómo se han organizado?

Nosotros en Vall d'Hebron venimos secuenciando desde el mes de marzo del 2020. Ahora se nos pide un esfuerzo mayor y esto hace que nos hayamos juntado cuatro hospitales que tenemos capacidades de secuenciar. Estamos detectando la proporción de la inglesa, acabamos de detectar una variante sudafricana y continuamos haciendo vigilancia de cualquier variante que pueda venir, desconocida o conocida. 

Ahora lo único que estamos pendientes es de que la Agencia de Salud Pública de Cataluña nos diga cuántas muestras de cada territorio catalán hemos de secuenciar y un poco las 'N' para tener una imagen mucho más demostrativa y mucho más representativa de lo que es el territorio catalán.


"Estamos utilizando recursos propios que normalmente utilizamos para proyectos de investigación"


¿Cuántas personas están trabajando en la secuenciación? 

Aquí en Vall d'Hebron tenemos un facultativo, un becario predoctoral, un becario posdoctoral y tres técnicos.

¿Lo compatibilizan con otras tareas?

Claro, se va sumando. Es como una tuerca que la vas enroscando y de momento vamos aguantando.

¿Tienen que hacer horas extras porque no les da con el horario habitual?

No solo horas extras sino que además estamos utilizando recursos propios que normalmente utilizamos para proyectos de investigación. Ahora lo estamos utilizando para poder secuenciar, dar una respuesta a la distribución de las variantes, poder explicar qué es lo que está pasando y en base a estos datos, que creemos que son muy importantes en vigilancia microbiológica, que las autoridades sanitarias puedan tomar sus decisiones.

¿Cree que este esfuerzo extra por parte de los sanitarios también se debería ver reflejado con una retribución extra?

Cuando nosotros pedimos reconocimiento en absoluto lo estamos pidiendo en nuestro sueldo, lo pedimos en otros aspectos. Por ejemplo, ahora estoy explicando que la vigilancia microbiológica es absolutamente importante en el seguimiento de los patógenos emergentes. Esto es algo que nosotros antes de la pandemia veníamos repitiendo que era necesario apoyar y subvencionar, no solamente para el coronavirus, para meningococo, para neumococo, para tosferina, para sarampión, etc. No se había hecho y ahora se está haciendo para coronavirus. Lo que me daría un reconocimiento importante es que una vez pasada la pandemia nos digan: lo que habéis hecho en vigilancia es muy importante, hay que continuarlo es estratégico y vamos a financiarlo con fondos públicos.


"¿Es necesario que todos secuenciamos? Probablemente no. Hay que escoger aquellos centros de referencia para que lo hagan"


¿Cree que gracias a la pandemia recibirá ese apoyo?

Ya lo veremos. Yo el otro día leí una frase que decía, no podemos volver a la normalidad porque precisamente la normalidad era el problema. Por lo tanto, o somos capaces de cambiar en base a la experiencia que hemos tenido o volveremos a estar en la situación anterior y cuando volvamos a tener un problema volveremos a pasar por los mismos errores. Al final el día a día es muy potente y una vez nos olvidemos de la pandemia veremos exactamente como cómo reaccionan al día a día nuestras autoridades públicas."

La Comisión Europea dice que la tasa de secuenciación actual no es suficiente para identificar la progresión de las variantes o detectar nuevas y recomiendan alcanzar una capacidad de secuenciación de al menos el 5 por ciento, y preferiblemente el 10 por ciento. Desde el Ministerio hablan de alcanzar un 2 por ciento e ir subiendo. ¿Cree que el sistema sanitario cuenta con los recursos suficientes para lograrlo?

Se plantean dos grandes problemas. Uno es un tema de recursos donde una proporción pequeña de centros con laboratorios de microbiología en este país tienen la posibilidad de secuenciar a genoma completo con las nuevas técnicas de secuenciación. La otra pregunta es: ¿Es necesario que todos secuenciamos? Probablemente no, hay que escoger aquellos centros de referencia para que lo hagan, que no tienen por qué ser uno por comunidad autónoma o uno a nivel nacional  sino que pueden haber varios que demuestren tener capacidad.

La secuenciación no había entrado con fuerza en la rutina asistencial de los laboratorios de microbiología, y ahora hay que hacer un esfuerzo de formación, de incrementar capacidades... Hay que subvencionar y el dinero para las subvenciones existe, es solo tener la voluntad de priorizarlo en lugar de otras cosas. Y luego el otro aspecto es que nosotros también desde los laboratorios hemos de incrementar nuestra formación y nuestra capacidad.

¿Por ejemplo, en el Vall d’Hebron necesitarían un impulso para alcanzar esta tasa?

Nosotros lo que necesitamos es un refuerzo por parte de la Administración, un refuerzo económico en personal y en reactivos. Ya hemos tenido una importante ayuda el año pasado  a través de fondos Feder y el Instituto Catalán de Salud que nos permitió acceder a plataformas de genómica muy potentes y que nos ha permitido desde el inicio de la pandemia ir secuenciando. Una vez generado un un aparataje muy importante ahora hay que darle de comer a estos aparatos, tener los reactivos suficientes, formar al personal y tenerlo dedicado a estas tareas.

También recomiendan minimizar los retrasos en los resultados ¿Cuántos días pasan desde que se realiza una PCR en Barcelona hasta que se termina de secuenciar en su hospital?

La secuenciación a genoma completo por lo menos es una semana de trabajo, sin embargo, cuando hacemos vigilancia de las nuevas variantes tenemos diferentes formas de hacerlo. Por ejemplo, si lo que vamos a detectar es si es inglesa, sudafricana o brasilera no hace falta que vayamos a genoma completo, podemos hacer secuenciación parcial de la espícula y esto en 48 horas lo podemos tener.

Esto es lo que ya conocemos, pero en vigilancia virológica es muy importante también detectar lo que no conoces. En definitiva es ir haciendo secuenciación y ahí necesitamos secuenciación de genoma completo porque no solo queremos saber si se transmite mejor o si escapa a la vacuna, también queremos saber si no es detectable por los sistemas de diagnóstico convencionales o si es de resistencia a los antivirales o a los anticuerpos monoclonales.

¿Considera que se están estudiando todos los casos sospechosos que se deberían estudiar?


"No solo debemos basarnos en la secuenciación, tenemos que intentar conocer la secuencia y averiguar que problemas va a dar" 


Estamos estudiando una proporción que es correcta dentro de lo que son nuestras capacidades. En Cataluña nos acercaremos mucho más al 5 por ciento que no a ese 2 por ciento que está marcando el ministerio en cada comunidad autónoma. 

El Reino Unido decidió secuenciar el día uno de la pandemia y creó un consorcio con un gran número de laboratorios y una financiación millonaria para secuenciar el 10 por ciento de todas las PCR positivas. Detectaron la variante el 18 de septiembre, pero hasta que comienza a dar problemas el 22 de diciembre no saben que significa. Si solo secuenciamos se hace el genotipo pero desconozces el fenotipo y no sé sabe cómo actúa hasta que no empieza a dar problemas. Por lo tanto, ahí vuelves a estar detrás del virus.

¿Qué es lo que han aprendido los ingleses? Que necesita un consorcio genotipo-fenotipo. Esto es algo extraordinariamente más complejo porque no lo puede hacer solo un biólogo molecular, se necesitan laboratorios de microbiología clínica con gente que conoce la virología en profundidad. Debemos ir hacia ahí y no solo basarnos en la secuenciación, tenemos que intentar averiguar que problemas va a dar. Es un hándicap que tenemos en estos momento con la secuenciación a nivel mundial.

¿Le diría a un estudiante de Medicina que es un buen momento para especializarse en microbiología?

Siempre es un buen momento para hacerlo. Según vemos en la convocatorias MIR a los estudiantes de medicina le cuesta, quieren atender pacientes y las especialidades de laboratorio atraen menos. Sin embargo, la microbiología clínica tiene una gran interacción no solo con el especialista en enfermedades infecciosas sino con todas las especialidades. La microbiología es lo que yo llamo una ciencia interpretativa, ya que en muchos casos estamos haciendo diagnóstico. Cuando en una infección de orina yo le estoy dando el microorganismo causal y el antibiótico a que es sensible ya lo he hecho todo. Hay otras situaciones en las que es diferente. Además, no hay lista de espera, no hay ni un solo microbiólogo en  paro en estos momentos. 


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