El Gobierno de Patxi López planteaba la inconstitucionalidad de este real decreto por entender que implica "la implantación de un sistema centralizado de gestión que, en lo que conlleva de función meramente ejecutiva, vulnera las competencias autonómicas reconocidas constitucional y estatutariamente al impedir a la Comunidad Autónoma del País Vasco cualquier decisión de reconocimiento, control y extinción del derecho a la asistencia sanitaria del Sistema Nacional de Salud".
Entre los argumentos que esgrime el Gobierno, señala que la Constitución Española en su artículo 149.1 indica que corresponde al Estado la facultad de coordinación en materia de sanidad y que el reconocimiento del derecho a la prestación sanitaria se ha reservado hasta la fecha pacíficamente a la Administración General y, más concretamente, a la Administración de la Seguridad Social.
Asimismo, prosigue indicando que “la asistencia sanitaria tiene naturaleza de prestación no contributiva de la Seguridad Social, como establece la Ley General de la Seguridad Social. Las prestaciones no contributivas del sistema de la Seguridad Social se inscriben dentro de lo que el Tribunal denomina ‘asistencia social interna’ al sistema de la Seguridad Social y la competencia del Estado en la materia queda amparada en el título competencial en materia de régimen económico de la Seguridad Social ex artículo 149.1.17ª de la Constitución Española”.